薄层色谱扫描仪是对薄层色谱进行定量检测分析的仪器，当前市场上有两类薄层色谱扫描仪：
传统扫描仪
是一种全波长扫描仪，提供波长200-800nm范围的可选波长，通过检测样品对光的吸收强弱确定物质含量。该扫描仪也能检测254nm或365nm紫外照射产生的荧光强度，从而进行异性检测。
传统扫描仪的扫描方式分为：单光束扫描、双光束扫描和双波长扫描。
单光束扫描：采用单一光束（即单一波长扫描），其结果就是上图中一定波长条件下的单条曲线。仪器结构简单，但是基线不稳，实际中很少使用。
双光束扫描：采用同一波长的两个光束同步扫描，一个光束扫描样品展开通道，另一个光束扫描样品通道旁边的空白区域，这样就可扣除空白吸收，部分消除薄层板展开方向铺板不均匀产生的误差。但是无法消除垂于展开方向铺板不均匀产生的误差。
双波长扫描：两个不同波长的光束交替扫描样品展开的通道区域，波长选择时，一个波长为样品大吸收位置，另一是吸收小值位置。这种方法可基本消除铺板不均产生的误差，因此扫描基线很稳定。
以上各种扫描方式中，根据光源大小（扫描精度）不同可分为直线扫描和锯齿扫描。
直线扫描：用可以覆盖样品展开通道的宽光束一次性扫完整个展开通道，即在展开方向上，每个点的数据只是一个扫描数据点。
薄层数码成像分析仪
薄层数码成像分析技术是利用数码成像设备获得薄层板上各点的光强度信息，之后对获得图像进行分析的薄层分析技术。数码成像设备包括两种：照相机和扫描仪（由于数码扫描仪采用逐行成像技术，为便于区分传统薄层扫描仪的逐点扫描，将数码扫描仪称为逐行扫描仪）。
和传统薄层扫描一样，照相机或逐行扫描仪都具有光检测系统，它们都是将光量线性转化为电信号的元件。不同的是，照相机和逐行扫描仪可进一步将电信号转换成电脑图像，图像中单个点（像素）的颜色深浅反映了光的强弱。
因此，薄层数码成像更接近人眼观察检测，结果更直观，因此非常适合鉴别，别是中药指纹图谱的识别。
数码成像仪不仅能完成普通白光照射下的成像分析，再装配254nm或365nm紫外灯后，也可以检测异荧光，异荧光检测。
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