薄层色谱扫描仪是在经过薄层色谱分离后，对薄层板上分离出来的在紫外和可见光区有光吸收的斑点，或经激发后能发射出荧光的斑点，进行光扫描，将扫描得到的谱图和积分数据用于物质定性或定量的分析仪器。该扫描仪也能检测254nm或365nm紫外照射产生的荧光强度，从而进行异性检测。传统扫描仪的扫描方式分为：单光束扫描、双光束扫描和双波长扫描。
1、薄层板制备除另有规定外,将1份固定相和3份水在研钵中向方向研磨混合,去除表面的气泡后，倒入涂布器中,在玻板上平稳地移动涂布器行涂布厚度为0.2～0.3mm，取下涂好薄层的玻板，置水平台上于室温下晾干，后在110℃烘30分钟，即置有干燥剂的干燥箱中备用。使用前检查其均匀度可通过透射光和反射光检视。
2、点样除另有规定外，用点样器点样于薄层板上，般为圆点，点样基线距底边2.0cm，样点直径及点间距离同纸色谱法,点间距离可视斑点扩散情况以不影响检出为宜。点样时必须注意勿损伤薄层表面。
3、展开展开缸如需预用展开剂饱和，可在缸中加入足够量的展开剂，并在壁上贴二条与缸样、宽的滤纸条，端浸入展开剂中，密封缸的盖，使系统平衡或按正文规定操作。
将点好样品的薄层板放入展开缸的展开剂中,浸入展开剂的深度为距薄层板底边0.5～1.0cm切勿将样点浸入展开剂中,密封缸盖,待展开至规定距离般为10～15cm、,取出薄层板，晾干，按各品种项下的规定检测。
4、如需用薄层扫描仪对色谱斑点作扫描检出，或直接在薄层上对色谱斑点作扫描定量，则可用薄层扫描法。
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